Pontes e Lacerda começou a ser povoada em 1962, após a construção da estrada que chegaria a cidade de Vila Bela da Santíssima Trindade. Depois que a estrada foi concluída, Manoel Basão que era o cozinheiro da empresa que construía a estrada, decidiu ficar na região e construiu um barraco e foi seguido por outros. Assim iniciou-se a ocupação da região.
O municípo recebeu esse nome em homenagem a Antonio Pires da Silva Pontes e a José de Lacerda e Almeida. Os dois eram astrônomos e cartógrafos que elaboraram em 1874, a primeira carta geográfica dos rios da região, partindo de Vila Bela rumando para o Rio Jauru.
Pontes e Lacerda é cortada pelo Rio Guaporé, que nasce na cidade à 1800 metros de altitude, na Serra dos Parecis. O rio corre para o estado de Rondônia e faz a divisa natural do Brasil com a Bolívia. O Rio Guaporé possui uma grande importância para Pontes e Lacerda e no mês de agosto sedia o Festival de Pesca.
Localizada no estado de Mato Grosso, Pontes e Lacerda está a uma distância de 430 km da capital Cuiabá. É possível chegar à cidade através das rodovias BR-364, BR-473 e a BR- 174, e pelo aeroporto municipal.