Fernandópolis teve a sua origem à partir da criação de gado, que com a criação em Minas Gerais e no sul de Mato Grosso forçou o estabelecimento de uma ligação entre Sant'Ana do Paranaíba e a região em desbravamento no interior, a Estrada Boiadeira. Atravessando o rio Paraná a Estrada Boiadeira ligava Mato Grosso do Sul à região e orientando-se pelo curso do rio São José dos Dourados servia para conduzir as tropas e o gado a São José do Rio Preto e, daí atingir Barretos, grande centro de comercialização, reduzindo o trajeto até então utilizado, via Uberaba. Os caminhos das Estradas Boiadeiras permaneceram por longo tempo as únicas vias de penetração do povoamento do chamado Sertão de Rio Preto, e desse modo, foi a estrada boiadeira que conduziu os primeiros colonizadores ao território em que hoje está localizada a cidade de Fernandópolis.
A ferrovia, o café e o desenvolvimento da agricultura consolidaram a região e aceleraram o processo de povoamento através de contínua migração. As primeiras plantações ocorreram em 1929.
Fernandópolis localiza-se no estado de São Paulo a uma distância de 555 km da capital do estado. O município está numa posição estratégica, a 80 km da divisa com o estado de Minas Gerais, e a 85 km da divisa com o estado de Mato Grosso do Sul.