Seropédica, na época da capitanias hereditárias, fazia parte da capitania de São Vicente, cujo donatário era Martim Afonso de Souza. Em 1567, Cristóvão Monteiro, ouvidor do Rio de Janeiro, enviou requerimento ao mesmo, solicitando uma parte de terras na margem direita do rio Guandu, se apossando em 30 de dezembro. Após sua morte sua esposa doou parte destas terras aos jesuítas e anos mais tarde sua filha transferiu sua herança aos jesuítas em troca de terras em Santo Amaro (Bertioga, SP).
Os jesuítas, no ano de 1729, ao encarregar uma equipe para medir a extensa propriedade, encontraram um vilarejo conhecido como Bananal, este local foi ocupado devido às explorações realizadas no final do século XVI, onde os exploradores plantavam roças para matar a fome. Com o término da expedição, muitos retornavam para os locais de roça e ali se estabeleciam. Bananal ganhou importância com a descoberta de ouro na região de Vila Rica, atual Ouro Preto, pois era passagem para o local. Mais tarde a estrada virou alternativa para retirar o ouro sem passar pelos postos de controle da coroa Portuguesa.
Em 1817, em terreno doado por Francisco do Amor Divino e Maria Rosa do Nascimento Pereira de Souza, foi contruída a capela de Nossa Senhora da Conceição, no Bananal. Também foram doados terrenos para a construção de um cemitério e de um logradouro público. Em 1997, Seropédica que fazia parte do município de Itaguaí, se emancipou deste.
A sua principal atividade econômica é a extração de areia para uso na construção civil, que já causou grandes estragos na ecologia da região. O lençol freático formou lagos saturados de sedimentos minerais, que deixam a água de cor verde-esmeralda, incapaz de sustentar qualquer forma de vida.
Boa parte da economia do município depende da Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro (UFRRJ), proveniente das verbas federais. Seropédica é uma cidade-dormitório, parte da população economicamente ativa trabalha no município do Rio de Janeiro.